Hier ein Beispiel wie man von VB.Net aus eine Javascript-Funktion aufrufen kann:
Dim onloadScript As StringBuilder = New StringBuilder()
onloadScript.Append("<script type='text/javascript'>")
onloadScript.Append("JavascriptFunction();")
onloadScript.Append("</script>")
Page.ClientScript.RegisterStartupScript(Me.GetType(), "onLoadCall", onloadScript.ToString())